北京時間2018年3月31日晚間，北京希望組生物科技有限公司（以下簡稱“希望組”）在南京舉行的第五屆NGS創(chuàng)新開發(fā)者大會，與北京基云惠康科技有限公司（以下簡稱“基云惠康”）共同宣布啟動“個人參考基因組服務(wù)計劃（Personal Reference Genome Service Project）”，開始面向全球市場提供全新的“個人參考基因組”服務(wù)。
該服務(wù)計劃將采用最新的ONT GridION/PromethION、Bionano Saphyr、Illumina、10X Genomics測序、以及高分辨率的生物芯片平臺，對每一個樣本采用多種平臺進行檢測，通過基因組組裝，并進行Phasing，得到一個二倍體（Diploid）的個人參考基因組，最后SNP/InDel/SV/STR/Methylation五種變異同時進行檢測，從而在全球范圍率先重新定義“全基因組測序（WGS）”的技術(shù)標(biāo)準，宣告了“個人參考基因組”時代的到來。
在二代測序成為主流的當(dāng)前，全基因組測序(WGS)一般指將樣本進行30X的二代測序，再將測序數(shù)據(jù)與人類參考基因組序列進行比對，識別SNP和InDel，以及少部分CNV和STR，這樣的檢測已經(jīng)成為二代測序遺傳病診斷、孕前攜帶者篩查等應(yīng)用領(lǐng)域的事實最高測序標(biāo)準。但是，我們也非常清楚，人類基因組中，超過了50%的序列是重復(fù)序列，基于二代測序的全基因組測序（WGS），并不能有效檢測重復(fù)區(qū)域的基因組變異；另外，非常重要的，也是一直被忽視的，人類基因組變異，不僅僅包括單堿基變異（SNV），還存在大量的結(jié)構(gòu)變異（SV/CNV）、串聯(lián)重復(fù)序列（STR）和堿基甲基化修飾，而基于二代測序的全基因組測序（WGS），漏掉了大量的這些類型的變異，從而導(dǎo)致了所謂的“基因組暗物質(zhì)”現(xiàn)象；進而也可以解釋，全基因組測序（WGS），在遺傳病診斷領(lǐng)域，至今陽性檢出率也僅能達到50%左右，遠遠低于理想的目標(biāo)。 而以三代測序和光學(xué)圖譜為主要亮點的“個人參考基因組”，采用了超長讀長的數(shù)據(jù)：將Oxford Nanopore數(shù)據(jù)進行組裝，得到高完整度的Contig，再將Bionano DLS數(shù)據(jù)進行Scaffolding，最后用Illumina數(shù)據(jù)對參考基因組的部分錯誤進行矯正，再結(jié)合10X技術(shù)的數(shù)據(jù)，對基因組數(shù)據(jù)進行Phasing，從而得到高質(zhì)量的、二倍體的個人參考基因組圖譜；然后，基于個人參考基因組，將illumina數(shù)據(jù)用于SNP和InDel的識別，將Nanopore的數(shù)據(jù)進行SV/STR/Methylation的識別，將Bionano的數(shù)據(jù)用于SV的識別，再用生物芯片的數(shù)據(jù)對上述變異進行驗證，綜合所有這些數(shù)據(jù)和結(jié)果，形成“個人全譜變異集”。
個人參考基因組將作為今后新生兒的基礎(chǔ)數(shù)據(jù)，可以成為腫瘤早篩非常重要的對比資料；個人參考基因組，還可以應(yīng)用到復(fù)雜遺傳病的診斷、孕前攜帶者篩查等領(lǐng)域；個人參考基因組中部分“個人特有”的序列，將作為我們理解人類進化、個人特征起到非常重要的作用。 根據(jù)目前的規(guī)劃，希望組與基云惠康將構(gòu)建大規(guī)模的測序和分析平臺，從而達到2-3年內(nèi)完成1萬個樣本（第一階段： 10K）和3-10年內(nèi)完成一千萬（第二階段：10M）個樣本的個人參考基因組服務(wù)能力。限于生產(chǎn)和研發(fā)成本的原因，目前在中國提供“個人參考基因組”服務(wù)，將收費10萬人民幣/樣本，在全球其他國家將收費2萬美元，目前已經(jīng)可以面向全球提供這種最新的技術(shù)服務(wù)。
希望組CEO汪德鵬先生表示，我們是一家“不去模仿、不去跟隨、只想去創(chuàng)造、開創(chuàng)未來”的企業(yè)，是世界領(lǐng)先的專注于將三代測序技術(shù)應(yīng)用于遺傳病和腫瘤檢測的企業(yè)。早在2016年，我們已經(jīng)參與完成了第一個參考序列級的中國人參考基因組“華夏一號”項目，此次“個人參考基因組服務(wù)計劃”的啟動，旨在利用更新的技術(shù)、更全面的方案檢測并注釋個人全譜變異類型，開啟基因組醫(yī)學(xué)領(lǐng)域的新時代。
基云惠康CEO郝向穩(wěn)先生表示，GeneKang專注于個人全基因組數(shù)據(jù)分析、解讀與基因應(yīng)用開發(fā)，在全基因組解讀知識庫構(gòu)建及相應(yīng)的技術(shù)工具開發(fā)上持續(xù)投入，致力于讓基因數(shù)據(jù)成為健康生活的基礎(chǔ)設(shè)施，改善大眾健康。“個人參考基因組服務(wù)計劃”與我們的初衷不謀而合，獲取個人基因組的“真實面目”并且能夠?qū)ζ涮N含的信息進行解讀，相信該項目必將推動基因組學(xué)事業(yè)的發(fā)展，揭秘生命更多的“內(nèi)幕”， 使基因檢測技術(shù)能夠真正的造福大眾。（一覽醫(yī)械，跟蹤報道）